Le bassin versant de la Têt est soumis à des influences climatiques, géographiques et géologiques diverses qui lui confèrent un patrimoine naturel riche et varié, particulièrement sur sa moitié amont : on y compte aujourd'hui 5 réserves naturelles nationales et régionales ce qui représente une surface cumulée de plus de 10 100 ha. 4 sites et monuments naturels remarquables dont le Canigó, les Orgues d’Ille, la Carança et les Bouillouses.

A l'échelle du bassin, ce sont 18 sites qui contribuent au réseau européen Natura 2000 avec des milieux allant des espaces lagunaires à la haute montagne. Le bassin compte également 81 ZNIEFF (zone naturelle d'intérêt floristique et faunistique) ainsi que 5 ZICO (zone importante pour la conservation des oiseaux). Cette diversité des milieux naturels sert d'habitat à plusieurs espèces patrimoniales comme :

• le desman des Pyrénées,
• la loutre d'Europe, l'Euprocte des Pyrénées,
• la musaraigne de Miller,
• le Grand tétras (Tetrao urogallus) ou encore
• le Gypaète barbu (Gypaetus barbatus),
• l’Emyde lépreuse,
• l’agrion de Mercure,
• les souches méditerranéennes de truite fario et souche Bouillouses de truite arc-en-ciel, l’anguille,
• le barbeau méridional,
• l’alose.

A l'aval du bassin, la façade littorale du Bourdigou est une ZNIEFF comprise dans la zone Natura 2000 de Salses Leucate. Elle associe des milieux dunaires caractéristiques du littoral Roussillonnais (présence d'associations végétales endémiques) et des milieux humides littoraux (prés salés, sansouires) avec une action conjuguée de l'eau douce et de l'eau salée. Ce site est un haut lieu de conservation d'espèces végétales rares.

A contrario, le territoire compte également des espèces végétales et animales envahissantes tels que :

• canne de Provence,
• buddleia,
• robinier faux accacia,
• la balsamine de l’Himalaya et
• la jussie.

Espèces animales

• le ragondin,
• le vison d’amérique,
• la tortue de Floride,
• l’écrevisse de Louisiane,
• le sanglier,
• le rat musqué