Le SMTBV est administré par un comité syndical composé de 36 délégués élus par l'organe délibérant de chaque collectivité adhérente. Chaque EPCI membre du syndicat désigne selon ses règles : 1 délégué titulaire et 1 délégué suppléant.

Ces délégués suivent le sort des assemblées qui les ont désignés quant à la durée de leur mandat. La répartition des sièges au sein du comité syndical est opérée de la façon suivante : chaque membre dispose d'au moins un siège, les sièges restant sont répartis au prorata de la clé de fonctionnement statutaire.

• Communauté urbaine Perpignan Méditerranée Métropole : 22 représentants
• Communauté de communes Roussillon-Conflent : 4 représentants
• Communauté de communes des Aspres : 2 représentants
• Communauté de communes Corbières-Salanque-Méditerranée : 2 représentants
• Communauté de communes Conflent-Canigó : 3 représentants
• Communauté de communes Pyrénées-Catalanes : 1 représentant
• Communauté de communes Pyrénées-Cerdagne : 1 représentant
• Communauté de communes du Haut Vallespir : 1 représentant

Le bureau syndical comprend 8 membres, le président et ses 4 vice présidents ainsi que 3 autres membres.

Le bureau a pour mission de préparer les décisions du comité syndical. Il se réunit régulièrement sur convocation du président et est renouvelé entièrement au cours de la première réunion du comité syndical suivant les élections municipales générales. L'organigramme actuel du bureau a été voté le 2 octobre 2020 en comité syndical.

Commission d’appel d’offres

Constituée par le président (ou son représentant) et 5 membres titulaires élus parmi et par le comité syndical, son fonctionnement  est régi par les dispositions du code des marchés publics et des articles L1414-2 et suivants du CGCT.

Création de la commission « MAPA »

Il est rappelé au comité que la création de cette commission n’est pas obligatoire mais qu’elle permet, dans le cadre de la passation des marchés en procédure adaptée de garantir un fonctionnement plus souple par rapport à la commission d’appel d’offres en garantissant cependant une totale transparence et le parfait respect des règles applicables en la matière. La Commission MAPA sera composée de l’autorité habilitée à signer le marché public, ou son représentant, président, d’un membre de la CAO et d’un délégué concerné par le marché objet de l’examen de ladite commission.

Commission (gros) travaux d’investissement

Composée du président et d’un représentant de chaque EPCI nommé par le conseil syndical, la commission prépare la planification et les arbitrages relatifs aux travaux d’investissement structurants (hors végétation des cours d’eau) du territoire. Elle est notamment chargée du pilotage et de la définition du ou des système(s) d’endiguement(s) ainsi que la planification des travaux à y réaliser. Elle peut, le cas échéant, proposer des modes de financement de certains investissements. La commission est consultée avant toute délibération relative à cette thématique. Elle suit le programme pluriannuel correspondant et rapporte ses conclusions au bureau puis au conseil syndical. Il est rappelé que cette commission, hors le président, sera composée de huit membres, à savoir 1 par EPCI membre du syndicat.

Commissions géographiques : amont Vinça, aval rive gauche, et aval rive droite

Pour s’assurer d’une vue d’ensemble des enjeux de son territoire, pour faciliter la concertation, coordonner les actions ou recenser les besoins qui entrent dans son champ de compétence, le syndicat peut mobiliser à titre consultatif des commissions géographiques. Le cas échéant, 2 élus issus du comité syndical peuvent être préalablement désignés comme référents pour le pilotage de la dite commission. Ils seront rapporteurs lors du comité syndical qui suivra.

Les commissions thématiques

Instaurées pour débattre, construire et proposer sur le bassin versant des idées, solutions, stratégies et prises de positions sur différents thèmes en rapport avec les compétences et missions du syndicat, le développement de ses activités ainsi que sur des sujets sur lesquels l'avis ou un positionnement du syndicat est sollicité.

• Eau - Energie : hydroélectricité, photovoltaïque sur des ouvrages existants, etc.
• Changement Climatique et Ressource en Eau : retenues collinaires, etc.
• PGRI / SLGRI : stratégie du risque inondation, lien risque/urbanisme, etc.
• Communication/Sensibilisation : comment porter les enjeux et l'activité du syndicat auprès du grand public, des scolaires, des élus et des riverains
• Valorisation et Innovation : réappropriation des berges et cours d'eau
• Pistes d'Accès et Servitudes : gestion des pistes ouvertes ou non au public